Как происходит вёрстка по сетке?

Все это я приводил на примере Бутстрапа, так что названия классов можешь считать условными)

1. Да, всегда в процентах. И для классов .col и для классов, начинающихся с .col-
2. Высота это высота. Она к сетке никак не относится
3. Отступы между блоками формируются через свойство padding для того, чтобы не влиять на итоговую ширину. Отступы до и после блока в Бутстрапе реализуются классами .offset

<div class="col-xl-8">
...
</div>
<div class="col-xl-3 offset-xl-1">
...
</div>

Пустые колонки это несемантично))

Есть еще, например, адаптивные классы .order для порядка вывода колонок.