В шаблон или в PHP-код принципиальной разницы не имеет. Самый простой способ -- указать функцию в php-файл темы:

<?php
/* ====================
[BEGIN_COT_THEME]
Name=Ottawa
Version=1.10
Schemes=default:Default, red:Red
[END_COT_THEME]
==================== */

/**
 * Ottawa Theme
 *
 * @package sed.by
 * @copyright (c) sed.by
 */

defined('COT_CODE') or die('Wrong URL');

$R['thanks_class_list'] = 'col-xl-6 mx-lg-auto';
$R['userimg_img'] = '<img src="{$src}" alt="' . $L['Avatar'] . '" class="img-fluid {$class}" />';
$R['userimg_default_avatar'] = '<img src="datas/defaultav/default.png" alt="' . $L['Avatar'] . '" class="img-fluid" />';

include_once cot_incfile('tags', 'plug', 'resources');
$R['tags_code_cloud_open'] = '<ul class="list-unstyled" id="tags">';

function cot_get_first($code) {
	$first = cot_structure_children('page', $code, true, false);
	return $first[0];
}
...

Если функция определена в файле plugin_name.functions.php плагина, то ее необходимо подключать через файл с соответствующим хуком. Например, для глобального использования:

<?php
/* ====================
[BEGIN_COT_EXT]
Hooks=global
[END_COT_EXT]
==================== */

defined('COT_CODE') or die('Wrong URL');

require_once cot_incfile('plugin_name', 'plug');